El equipo fue animador de varios Campeonatos Nacionales (jugados entre 1967 y 1985) llegando a jugar un total de 8 veces, que fueron en 1970, 1973, 1975 (alcanzó el 4.º puesto), 1976, 1977, 1980, 1981 (llegó a cuartos de final) y 1982. Participaba en la Copa de Honor y fue 10 veces campeón. Luego de formarse la «B» Nacional en 1986, le costó afianzarse en la segunda categoría, descendiendo al torneo del interior en 1988. De la mano de Salvador Ragusa vuelve a la segunda división del fútbol Argentino en 1993. Y con la conducción de Francisco «Pancho» Ferraro en la temporada 1993/94 logró conseguir otro ascenso en forma consecutiva y vuelve a la primera división después de 12 años de ausencia, ganando el campeonato que lo tuvo en la punta desde el primer minuto del primer partido, siendo este un hecho histórico para el fútbol argentino.
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Gimnasia de Jujuy cumple hoy 84 años de vida
Se mantuvo en primera durante 6 temporadas (12 campeonatos) más, sobresaliendo el 4.º puesto que obtuvo en el campeonato Clausura 1998. La temporada 1999/2000 no fue buena y desciende a la «B» Nacional donde jugó 5 temporadas alternando buenas y malas campañas. En la temporada 2004/05 con la dirección técnica de Francisco Ferraro en el Apertura 2004 (salió cuarto) y Roberto Carlos Mario Gómez en el torneo Clausura 2005 (salió primero), logró el ascenso: en la final con Tiro Federal (Rosario), no logra ascender y sí lo hace luego (ganándole al poderoso Huracán de Parque Patricios) para jugar la temporadas 2005/2006, 2006/2007, 2007/2008 y 2008/2009 en primera división.
En el Clausura 2006 realiza otra excelente campaña coronando otro cuarto puesto en un campeonato donde fue revelación.
Su máximo goleador histórico en primera división es Mario Humberto Lobo con 46 goles en las temporadas 1994 al 2000 en tanto «el Rifle» Hernán Castellano es el jugador con mayor número de partidos jugados en la primera división, con 145 partidos en las temporadas 1994 al 2000. Por su parte, el jugador con mayor cantidad de partidos vistiendo la casaca de este club es Daniel «El Gato» Ramasco, con 293 partidos, con los que supera el récord que ostentara Alejandro González, quien jugó 275 partidos de manera profesional en la década de los 90.
Hoy el equipo tiene como DT a Sebastián Méndez y disputadas cinco fechas el equipo es líder del torneo con nueve unidades en el Torneo Nacional B.