En el año 2016, el exjefe de Gabinete, Marcos Peña, comunicó al Congreso que el submarino se encontraba "en condiciones de operar" en la base de Mar del Plata. A pesar de las advertencias de los legisladores sobre la imperiosa necesidad de trasladar el submarino a un "dique seco" para llevar a cabo las correspondientes reparaciones, el funcionario no respondió a dicha solicitud.
Reportes de medios, algunas semanas después del desastre, indicaron que en el submarino se registró un inconveniente con el snorkel (la válvula de entrada de aire), lo que resultó en la entrada de agua a la embarcación.
El 8 de noviembre de 2017, la embarcación zarpó desde la base naval de Ushuaia en una misión de vigilancia a lo largo de las aguas costeras argentinas. Se tiene constancia de que un día antes de su desaparición, informó sobre un problema eléctrico y un conato de incendio en la sala de máquinas, el cual fue resuelto por la tripulación.
"Ingreso de agua de mar por sistema de ventilación al tanque de baterías N° 3 ocasionó cortocircuito y principio de incendio en el balcón de barra de baterías. Baterías de proa fuera de servicio al momento en inmersión propulsando con circuito dividido. Sin novedades de personal. Mantendré informado", comunicó el comandante del ARA San Juan, el capitán de fragata Pedro Martínez Fernández, a la 7.30 del 15 de noviembre de 2017.
En la noche del 16 de noviembre, los medios de comunicación reportaron que las autoridades habían perdido la comunicación con el submarino mientras se hallaba a 432 kilómetros de la costa patagónica, en las proximidades del Golfo San Jorge. Más tarde, el Ministerio de Defensa liderado por Oscar Aguad admitió la pérdida del submarino y puso en marcha el protocolo SAR para iniciar las labores de búsqueda y rescate de la embarcación.
La administración de Macri pidió asistencia internacional, y barcos de Argentina, Alemania, Brasil, Chile, Colombia, Estados Unidos, Francia, Gran Bretaña, Noruega, Perú, Uruguay y Rusia colaboraron en una operación que se desarrolló en una extensión de casi 500,000 kilómetros cuadrados.
Con las tareas en curso, el 23 de noviembre, el portavoz de la Armada, capitán de fragata Enrique Balbi, comunicó a los medios que la Armada de los Estados Unidos y la Organización del Tratado de Prohibición Completa de los Ensayos Nucleares (CTBTO), con sede en Viena, Austria, habían registrado "un evento anómalo, corto y consecuente con una explosión/implosión" en la zona por la cual navegaba el sumergible.
48 horas más tarde, la exdiputada nacional de la Coalición Cívica, Elisa Carrió, declaraba en un programa de televisión que los integrantes del ARA San Juan se encontraban "fallecidos", y el 30 de noviembre, el Ministerio de Defensa reconocía que no existían perspectivas de hallar con vida a los marinos.
Los familiares de las víctimas demandaban conocer la naturaleza de la misión del submarino y, en esos días, se oponían a la declaración de duelo nacional hasta que se recuperaran los restos de la embarcación. Simultáneamente, las autoridades argentinas daban por concluida la búsqueda de sobrevivientes, dejando la zona de rastreo sin explorar.
Después de 50 días de permanencia en Plaza de Mayo, los familiares consiguieron que el Gobierno agilizara la contratación de una empresa para iniciar la búsqueda. En Caleta Olivia, Santa Cruz, dos días después de la desaparición del submarino, la jueza Marta Yáñez inició una causa judicial al respecto.
En 2018, los familiares lanzaron una campaña exigiendo "búsqueda, verdad y justicia" y solicitaban al Gobierno que iniciara un proceso de licitación para contratar un buque que llevara a cabo un rastreo en la región donde el submarino había desaparecido.
Después de 50 días de permanencia en Plaza de Mayo, los familiares consiguieron que el Gobierno agilizara el procedimiento de contratación de una firma para dar inicio a la búsqueda.
En última instancia, el Estado firmó contrato con la compañía estadounidense Ocean Infinity, la cual desplazó a la zona al barco Seabed Constructor, dando inicio a la búsqueda con familiares de la tripulación del ARA San Juan a bordo.
El 17 de noviembre de 2018, la Armada corroboró que el Seabed había localizado al submarino a una profundidad superior a los 900 metros y a una distancia de 500 kilómetros de la costa patagónica, en las inmediaciones de la ciudad de Comodoro Rivadavia.
Los restos del ARA San Juan se hallaban en estrecha proximidad a la ubicación indicada por el buque oceanográfico chileno "Cabo de Hornos" en diciembre de 2017. En julio de 2019, la Comisión Bicameral emitió un dictamen que señalaba una "una clara responsabilidad política y administrativa" de Aguad y sus colaboradores en el naufragio del submarino.
Cuatro representantes del oficialismo de Cambiemos, de los 12 legisladores de la comisión, expresaron su discrepancia al firmar este informe, que también concluyó que el hundimiento del submarino no fue resultado de un ataque ni de deficiencias en el proceso de renovación finalizado en 2014.
En febrero de 2020, la jueza Yáñez dictó procesamiento para seis altos oficiales de la Armada: el contraalmirante Luis López Mazzeo, el capitán de Navío Claudio Villamide, el contraalmirante Luis Malchiodi, el capitán de navío Héctor Alonso, el capitán de fragata Hugo Miguel Correa y el capitán de corbeta Jorge Andrés Sulia, acusándolos de estrago doloso al hacer caso omiso de las advertencias sobre el mal funcionamiento del instrumental del submarino.
En noviembre del año anterior, el tribunal federal de Comodoro Rivadavia instruyó a la jueza para que extendiera su pesquisa sobre las posibles responsabilidades de Macri, Aguad y el entonces titular de la Armada, Marcelo Srur, en el incidente.
La más significativa baja sufrida por la Armada desde la Guerra de Malvinas generó la convocatoria a un Consejo de Guerra por parte del Estado Mayor Conjunto de las Fuerzas Armadas y el Ministerio de Defensa.
Compuesto por el general Juan Martín Paleo, jefe del Estado Mayor Conjunto (EMCO) de las Fuerzas Armadas, el brigadier Pedro Girardi de la Fuerza Aérea y el secretario de Estrategia y Asuntos Militares Sergio Rossi en calidad de presidente, el Consejo determinó, después de un minucioso análisis de varios meses, imponer el arresto riguroso por 45 días a Srur y destituir al capitán de navío Claudio Villamide, quien anteriormente había sido el jefe del comando de submarinos.
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